Die Bundesregierung entschloß sich in dieser Situation, den nach Amtsantritt der Regierung Erhard eingeschlagenen Kurs einer Erneuerung und Festigung der deutsch-amerikanischen Beziehungen, die unter Adenauer und Strauß etwas abgekühlt waren, weiterzuverfolgen und sogar noch zu verstärken.
Dies hatte zur Folge, daß die deutsch-französischen Beziehungen nur wenige Jahre nach Abschluß des Freundschaftsvertrages einen Tiefpunkt erreichten. Militärisch wurde der bescheidene Erfolg, den die Bundesregierung mit der Einführung der sogenannten Vorwärts- oder Vorneverteidigung in der Verteidigungskonzept der NATO im September 1963 erreicht hatte, wieder in Frage gestellt.
Durch den Abzug nicht unwesentlicher französischer Kräfte und vor allem durch den Verlust des strategischen Hinterlandes, der für die Logistik der in der Bundesrepublik dislozierten NATO-Streitkräfte schwierige Probleme mit sich brachte, wurde die militärische Position der Allianz entscheidend geschwächt und dies zu einem Zeitpunkt, wo die von den USA angestrebte neue Strategie einer Flexible Response gerade eine Verstärkung der vorhandenen Kräfte erfordert hätte. Wenigstens konnten die Verhandlungen über einen Verbleib der französischen Divisionen in Südwest-Deutschland, allerdings außerhalb der Befehlsgewalt der NATO-Oberbefehlshaber, nach anfänglichen Schwierigkeiten schließlich halbwegs erfolgreich abgeschlossen werden.
Zum Zeitpunkt des Bruchs von Frankreich mit der NATO befanden sich in Südwestdeutschland zwei französische Divisionen und eine selbständige Brigade in Westberlin. Die französischen Truppen stellten auch eine nicht unwesentliche Komponente der nuklearen Kräfte der NATO dar. Sie verfügten über 10 Batterien mit den atomaren Kurzstreckenrakten Honest John. Die französische Luftwaffe in der BRD verfügte darüber hinaus über 60 Jagdbomber F-100, die ebenfalls einen nuklearen Auftrag hatten. Schließlich verfügten zwei der französischen Nike Hercules-Batterien ebenfalls über von den Amerikanern kontrollierte atomare Sprengköpfe.
Der Abbau der französischen Nike-Batterien in Südwestdeutschland riss auf der Linie Stuttgart - München eine nicht unerhebliche Lücke in die gerade erst aufgebaute integrierte Luftverteidigung der NATO. In Sachen Atomwaffen war die amerikanische Rechtsposition: Ohne NATO-Auftrag und -Integration keine amerikanische Atomwaffen. Konsequenterweise wurden diese nach dem vollzogenen Austritt Frankreichs aus der militärischen Integration 1967 von den USA auch komplett abgezogen.
Innerhalb des Bündnisses wurden die Folgen des französischen Auszugs durch ein Paket von organisatorischen Maßnahmen, die naturgemäß eine gewisse Verbesserung der Position der Bundesrepublik mit sich brachten, aufgefangen:
Die organisatorischen Maßnahmen wurden auf der Sitzung des NATO-Rats im Dezember 1966 mit der Bildung zweier nuklearer Planungs- und Konsultationsorgane, dem Nuclear Defence Affairs Committee (NDAC) und der Nuclear Planning Group (NPG), abgeschlossen.